1999年，我院泌尿外科专家郭应禄教授当选为中国工程院院士，成为我院泌尿外科继吴阶平院士之后的第二代院士。泌尿外科发挥院士领军、医教研防四位一体的优势，在泌尿男生殖系肿瘤、前列腺疾病、尿控、男性生殖系疾病、泌尿系结石、肾移植六个领域全面推进医教研防工作。这张照片是吴阶平院士(左)和郭应禄院士(右)的合影。

2000-2005跨入新千年，带来新思维;三千同侪图破茧，院貌旧景换新颜。第二住院部病房楼落成，这一“鲁班奖”工程极大改善了就医环境;皮肤科研究团队在副肿瘤性天疱疮发病机理研究取得重大突破，这项具有重要理论价值和实际意义的国际先进成果让医院发展开启新篇。当非典疫情肆虐中国大地之时，无数白衣战士众志成城，不顾个人的安危，冲锋在前，与死神赛跑;同时，科研学术成绩斐然，这是医院综合实力的展现……世纪之交的北大医院：结硕果累累，育英才代代。