2005年召开的第十三届中国科技论文发布会公布，我院2004年SCI收录论文在全国医疗机构排名第一，论文数70篇，收录数90篇。我院于2003年和2004年连续两年蝉联榜首。上图为2003年和2004年全国医疗机构SCI收录论文数排名前十的名单。

2006-2015医诚换得四方誉，仁术博得万人和;期颐之年展宏图，一代新人创新篇。妇儿楼改造，门诊楼竣工，从背阴胡同走向平安大街，这是北大医院建设发展的又一个里程碑，凝聚了医院和谐发展的历史积淀;眼科医疗队的“健康快车”为西藏拉萨白内障患者送光明，将希望带到雪域高原……耄耋之际，即将迎来百年，医院也将重回“原点”，传承“厚德尚道”的院训。不辱使命，医教百花齐放;砥砺前行，德术誉播杏林!新世纪，新起点，共圆北大医者梦!