1928年11月，京师大学校改组为国立北平大学，医科改称医学院，医院遂称北平大学医学院附属医院。那个时代老百姓称之为“平大医院”。右图展示的是当年医院名称的一个钤记印模。

注：钤记：清制，一种官印

1929年，北平大学拟定并出台了《组织规程》，右图是北平大学医学院根据《组织规程》制定的组织系统表。可以看出当时的附属医院已分为内、外、妇产、小儿、皮肤花柳、眼、耳鼻咽喉、理疗8个学科。院长、临床各科主任及药局主任组成了“医院会议”，院长为主席，讨论医院兴革事宜、医院规程、预算决算和其他重要事项。