1938 年，伪政府在北京办起“国立北京大学”，部分留在北平的平大学医学院师生加入“国立北京大学医学院”，附属医院也于 1938 年 3 月重新开院接收病人。此时在西安的医学院也独立设置，改成“国立西北医学院”，我院很多教员在那里任教。上图是当时西安国立西北医学院的外景。

1939，医院的诊疗服务在严峻的战争局势下并没有停止发展。上图展示的是 1939 年的国立北京大学医学院附属医院诊疗费、手术费的定价表，从中可以看到，当时医院已经有数十种检验项目，百余种诊疗、手术方法。