2022年7月18日，泌尿外科李学松、周利群教授团队与中科院北京基因组所（国家生物信息中心）慈维敏团队合作深入解析上尿路上皮癌和膀胱癌的表观基因组特征和图谱，并进一步鉴定出不同的DNA甲基化亚型，探索肿瘤的潜在风险分层，以及探究DNA甲基转移酶抑制剂药物在尿路上皮癌细胞系中的疗效及作用靶点。论文《DNA methylation subtypes guiding prognostic assessment and linking to responses the DNA methyltransferase inhibitor SGI-110 in urothelial carcinoma》发表在BMC medicine杂志（Q1区，影响因为）。

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　　尿路上皮癌（UC）是第四大常见肿瘤，包含上尿路上皮癌和膀胱癌。虽然都起源于尿路上皮细胞，前者恶性程度更高，诊断时有60%患者已经发生肌层浸润，而后者只有15-25%的患者发生肌层浸润。越来越多的证据表明DNA甲基化与肿瘤的进展紧密相关。肌层浸润和非肌层浸润的膀胱癌具有不同的DNA甲基化模式，同时与临床预后相关。上尿路上皮癌的甲基化研究及图谱仍一片空白。另外，上尿路上皮癌和膀胱癌之间DNA甲基化层面的对比将有助于尿路上皮癌的管理，如诊断、预测以及治疗方式。

工作流程图

　　该研究收集了上尿路上皮癌旁组织、上尿路上皮癌和膀胱癌组织共49例。通过整合全基因组甲基化和转录组数据，发现上尿路上皮癌和膀胱癌的DNA甲基化图谱非常相似；对肿瘤的DNA甲基化模块进行非负矩阵分类，鉴定出两种与预后相关的亚型（Methy-High和Methy-Low），进一步在86例上尿路上皮癌及411例TCGA膀胱癌两个公共数据集中进行了验证。其中，Methy-High亚型是高甲基化，免疫浸润，耗竭状态的T细胞和免疫抑制微环境，临床预后较差。值得一提的是，DNA甲基化亚型是一个新型独立预后指标。研究还发现，DNA甲基转移酶抑制剂SGI-110通过上调多种抗肿瘤免疫通路抑制Methy-High亚型膀胱癌细胞系的迁移和侵袭。以上结果表明，尿路上皮癌具有一个潜在相似的DNA甲基化机制，这为共同管理尿路上皮癌提供了潜在的机会，也为临床提供了预后风险分层的分子分型策略，同时为临床上使用SGI-110药物治疗尿路上皮癌患者提供了理论机制。

　　泌尿外科李学松教授、周利群教授和中科院北京基因组所（国家生物信息中心）慈维敏研究员为本文共同通讯作者。慈维敏课题组博士生李娟、助理研究员梁媛、李学松课题组博士后樊健、周利群课题组博士生徐纯如为本文的共同第一作者。该研究得到了国家重点研发计划、中科院战略先导科技专项、国家自然科学基金等项目资助。

　　文章链接：https://bmcmedicine.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12916-022-02426-w

　　通讯作者简介：

李学松

　　北京大学第一医院泌尿外科副主任、主任医师、教授，北京大学医学部博士研究生导师，博士后导师。北京大学泌尿外科医师培训学院副院长，北京大学第一医院泌尿外科上尿路修复专业组组长，北京泌尿内腔镜博物馆馆长。中国医师协会泌尿外科医师分会（CUDA）委员兼副总干事，中华医学会泌尿外科学分会（CUA)机器人学组委员兼副秘书长，CUDA修复重建学组副组长, CUDA上尿路修复协作组组长,CUDA数字与人工智能学组副组长,中国医师协会毕业后医学教育外科（泌尿外科方向）专业委员会副主任委员，中国医师协会医学机器人医师分会委员，中国医师协会循证医学专业委员会第五届委员会外科学组委员，中国抗癌协会泌尿男生殖系肿瘤专业委员会微创学组委员，北京医学会泌尿外科学分会青年委员会副主任委员，北京医学会泌尿外科学分会尿路修复与重建学组副组长，北京癌症防治学会泌尿肿瘤专业委员会主任委员，亚洲机器人泌尿外科学会（ARUS）临床研究委员会委员。

　　专业方向为泌尿系肿瘤和输尿管疾病的外科手术、临床转化及基础研究，主持尿路上皮癌领域多项国家级及省部级课题项目，擅长复杂疑难的肾脏、输尿管及膀胱修复重建及泌尿系肿瘤的开放、腹腔镜和机器人手术，创新改良多项手术技术，是中国上尿路修复领域年青一代的开拓者和领军人物。目前在中英文杂志发表了240余篇论文，第一或通讯作者发表SCI论文120余篇，获得国家实用新型专利7项，参编或编译泌尿外科专业书籍16部，主译3部，主编3部。

慈维敏

　　中国科学院北京基因组研究所（国家生物信息中心）研究员，博士生导师。担任中国细胞生物学会衰老细胞生物学分会理事、中国抗癌协会肿瘤标志专业委员会甲基化标志物专家委员会常委、中国抗癌协会第七届肿瘤标记物专业委员会委员，并多次受邀在国家自然基金委员会NSFC-FDCT精准医学研讨会、EACR（European Association for Cancer Research）和中国肿瘤学大会（CCO）等国内外相关的学术会议做口头发言报告研究成果。

　　长期致力于泌尿系统肿瘤精准医学研究，在筛选中国人群泌尿系统肿瘤的风险因子、全新靶点和新型标记物等方面取得了一系列原创性发现，促进了临床转化研究。慈维敏团队擅长整合基因组和表观基因组学技术和方法，并获得了多项国家级科研项目的支持，近5年来，共发表通讯作者（含共同）论文17篇（平均影响因子>11），申请专利2项，授权专利2项。

周利群

　　北京大学第一医院教授，主任医师，博士生导师。现任北京大学泌尿外科研究所所长，北京大学医学部泌尿外科学系主任，中国医师学会泌尿外科医师分会名誉会长，前任会长，中华医学会泌尿外科学分会常务委员，北京医学会泌尿外科学分会副主任委员，中国医师协会毕业后医学教育外科(泌尿外科方向)专业委员会常务副主任委员，中国泌尿生殖产业技术创新战略平台（联盟）理事长，中国研究型医院学会泌尿外科学专业委员会副主任委员，中国医疗保健国际交流促进会泌尿生殖医学专业委员会副主任委员，全国泌尿外科医师定期考核编委会主任委员，中国泌尿男科医学技术与装备创新联盟副主席，中国医师协会住院医师规范化培训专家委员会泌尿外科专委会副主任委员，中国医疗器械行业协会泌尿外科与男科器械专业委员会副理事长，CUDA微创及机器人学组组长，CUA微创学组副组长，CUDA UTUC协作组组长（联盟主席），《Journal of Clinical Oncology》中文版泌尿男生殖系统肿瘤专刊主编，《中华泌尿外科杂志》副主编，《中华腔镜泌尿外科杂志》电子版副主编，《现代泌尿外科杂志》副主编，《The Journal of Urology》杂志国际编委。

　　曾获中国医师奖、吴阶平泌尿外科医学奖、世界华人泌尿外科学会杰出贡献奖中华医学会泌尿外科学分会金膀胱镜奖、国之名医及金柳叶刀奖等，发表文章530余篇，其中英文文章205篇，英文第一及责任作者136篇。主持国家及省部级基金多项，以第一完成人荣获国家及省部级奖项7项，主编专著6部，译著2部。

　　（泌尿外科  樊健）